清光緒二十年（1894年），孫中山上書李鴻章，提出各種救國政見，但沒有得到李鴻章的回應。孫中山失望之餘，從此走上了以革命推翻大清王朝的道路。他在檀香山創建生平第一個革命組織——興中會，以“驅逐韃虜，恢復中國，創立合眾政府”為宗旨。
由孫中山起草的《興中會章程》稱：“中國積弱，非一日矣！上則因循苟且，粉飾虛張；下則蒙昧無知，鮮能遠慮。近之辱國喪師，剪藩壓境。堂堂華夏不齒於鄰邦；文物冠裳被輕於異族。有誌之士，能無撫膺！夫以四百兆蒼生之數，數万里土地之饒，固可發奮為雄，無敵於天下；乃以庸奴誤國，塗[荼]毒蒼生，一蹶不興，如斯之極。方今強鄰環列，虎視鷹瞵，久垂涎於中華五金之富、物產之饒。蠶食鯨吞，已效尤於接踵；瓜分豆剖，實堪慮於目前。有心人不禁大聲疾呼，亟拯斯民於水火，切扶大廈之將傾。用特集會眾以中興，協賢豪而共濟，抒此時艱，奠我中夏！”
清光緒二十一年（1895年）春天，孫中山與同志陳少白、陸皓東、鄭士良等人，在香港成立興中會總部，對外稱乾亨行。興中會動員了三合會、三點會、添弟會、天地會等綠林會眾，並策反了廣州水師營、巡防營的一部分士兵官佐，準備趁重陽節（10月26日）之機發難，攻陷兩廣總督衙門和巡撫衙門，成立臨時政府。陸皓東設計了一面青天白日旗，作為起義旗幟。這是由興中會領導的第一次起義，史稱“乙未廣州起義”。
10月，孫中山偕陸皓東、鄭士良、陳少白、鄧蔭南等人到廣州建立興中會分會。會址在雙門底王家巷王氏書舍（又稱王家祠、雲崗別墅，今北京路青年文化宮地），對外掛出“農學會”招牌作掩護。由孫中山的好友、道濟會堂長老區鳳墀（興中會員）代起草《擬創立農學會書》，刊登於廣州中西日報，以“研討農桑新法”為名，發展會員至數百人。潘寶璜、潘寶琳、劉學詢等廣東著名官紳，均在《剏立農學會徵求同志書》上署名贊助。
廣州志士加入興中會頗為踴躍，有程奎光、程璧光、朱淇、程懷、梁榮、蘇復初等數百人。孫中山以王氏書舍為總機關，另在雙門底聖教書樓、東門外咸蝦欄張公館等處設分支機關數十處，以容納往來同志和貯藏秘密文件。
孫中山認為當時廣州城內官衙，防衛十分鬆懈，他的計劃是組織一百人的敢死隊，以二十餘人攜帶武器，攻入府署的官眷住所，殺其長官，使全城群龍無首；以二三十同志預伏在城中各要道，如果城外官兵入城增援，則加以阻擊；並在橫街窄巷炸毀幾間店鋪，使援軍無法通行。再以二三十人進攻旗界。任務已完成的各隊則四處放火，造成聲勢。
這是一個非常大膽的計劃，但因為起義人數太少，風險頗高，不少人主張從順德、香山、北江三路調會黨集中廣州，借重陽節期間，有登高、拜山之俗，各鄉到省城的民眾很多，方便黨人混入，同時舉事。孫中山從之，派人聯絡東、西、北三江的綠林團練，都很順利，無不踴躍聽命。
清代大儒朱次琦的侄子朱淇負責起草“奉天討滿檄文”，並將安民告示先期印好，收藏在王氏書舍的牆壁中，準備起義後四處張貼。英文對外宣言則由孫中山的老師何啟博士與香港《德臣西報》主筆英人黎德在香港擬就，只待廣州起義成功，即分送各國，要求承認義軍為交戰團體，享受各國一切中立權利。
10月25日，各路人馬陸續潛入廣州，聚集在起義總機關附近，定起義口號為“除暴安良”，以臂纏紅佈為標誌。只等由香港一路同志由楊雲衢率領，乘當晚夜輪到達，即可發動。不料當晚香港同志並沒有上船，孫中山接到楊雲衢電報，稱香港隊員須改遲二日才能啟程。廣州總機關的同志認為，推遲起義，消息勢必洩露，況且兩天后香港同志能否行動，尚未可知，不如暫時中止計劃，遣散廣州的同志，以免遭受損失。
於是，廣州總機關致電香港同志暫勿來省。孫中山一面下令部眾盡快撤離，以免被官府一網打盡，一面督飭少數留省同志分頭收藏武器、燒毀文件。但電報到達香港時，香港同志準備的七箱軍火，已交付船運，無法取回，兩百多人的隊伍亦已整裝待發了，楊雲衢乃復電孫中山：“接電太遲，貨已下船，請接。”
這時消息已經外洩，朱淇的兄長朱甤生是廣州大紳，主持西關清平局事，他知道弟弟參與起義之事，擔心受其連累，遂向官府自首告密。官府緹騎四出，大肆搜捕。 10月27日，王氏書舍和鹹蝦欄等機關均被破獲。陸皓東本來已安全撤離，但他擔心收藏在王氏書舍裡的黨人名冊被官府搜獲，按圖索驥，遂不顧友人勸阻，潛返王氏書舍，把名冊取出全部燒毀。當最後一本名冊化為灰燼時，大批官兵已破門而入了。陸皓東等五人被捕。
第二天，當香港輪船抵達廣州時，官府已派重兵在碼頭守候，船甫泊岸，即上船大捕黨人。船上40多名黨人及其首領朱貴全、丘四被捕，七箱軍火亦全部被官兵繳獲。孫中山逃回香山，轉赴澳門、香港，從此流亡海外。
陸皓東在獄中受盡酷刑，但表現出視死如歸的勇氣。審訊時陸皓東奮筆疾書，痛斥清廷腐敗無能，直陳革命意義，寫下了一篇慷慨淋漓的“供詞”：
吾姓陸名中桂，號皓東，香山翠亨鄉人，年二十九歲。向居外處，今始返粵。與同鄉孫文同憤異族政府之腐敗專制、官吏之貪污庸懦、外人之陰謀窺伺，憑弔中原，荊榛滿目。每一念及，真不知涕淚之何從也。居滬多年，碌碌無所就，乃由滬還粵。恰遇孫君，客寓造訪，遠別故人，風雨連床，暢談竟夕。吾方以外患之日迫，欲治其標，孫則主滿仇之必報，思治其本。連日辯駁，宗旨遂定，此為孫君與吾倡行排滿之始。蓋務求警醒黃魂，光復漢族。無奈貪官污吏，劣紳腐儒，靦顏鮮恥，甘心事仇，不曰本朝深仁厚澤，即曰我輩踐土食毛。詎知滿清以建州賊種，入主中國，奪我土地，殺我祖宗，擄我子女玉帛。試（思）食誰之毛，踐誰之土？楊州十日，嘉定三屠，與夫兩王入粵殘殺我漢人之歷史，尤多聞而知之，而謂此為恩澤乎？要之：今日非廢滅滿清，決不足以光復漢族；非誅除滿姦，又不足以廢滅滿清，故吾等尤欲誅一二狗官，以為我漢人當頭一棒。今事雖不成，此心甚慰。但一我可殺，而繼我而起者不可盡殺。公羊既歿，九世含冤，異人歸楚，吾說自驗。吾言盡矣，請速行刑！
陸皓東、朱貴全、丘四三人被官府殺害。程奎光在營務處受軍棍六百之刑而死。還有幾名黨人死於獄中。其餘被捕的60多人，則一律被指為“愚民受惑”，各發川資一元遣散回鄉。孫中山稱陸皓東為“中國有史以來，為共和革命而犧牲第一人”。 12月7日，廣東按察使兼管全省驛傳事務衙門發佈告示，懸賞緝拿“逸犯”，孫中山名列榜首，懸花紅銀一千元。
乙未起義雖然失敗，但孫中山和革命黨的名字第一次震動天下。據孫中山自述，這次失敗後，“舉國輿論莫不目予輩為亂臣賊子，大逆不道，咒詛謾罵之聲，不絕於耳，吾人足跡所到，凡認識者幾視為毒蛇猛獸，而莫敢與吾人交遊也。”孫中山、陳少白等人流亡到日本，楊雲衢則流亡到印度、南非洲。他們跋履所至，結交華僑，宣傳革命，風氣為開，同情和支持革命者日益增多。僅僅相隔16年後，辛亥革命爆發，全國響應，大清土崩瓦解。